สืบเนื่องจากเมื่อช่วงเดือนธันวาคม พ.ศ.๒๕๔๕ คราวเตรียมงานฉลองเจดีย์ พิพิธภัณฑ์องค์หลวงปู่เสาร์ กนตฺสีโล ณ วัดดอนธาตุ  ต.ดอนธาตุ อ.พิบูลมังสาหาร จ.อุบลราชธานี ท่านพระอาจารย์สาคร ได้รับมอบหมายจากคณะทำงาน  คราวนั้นให้รับหน้าที่ติดต่อประสานงานทั้งระหว่างหน่วยงานต่างๆที่เกี่ยวข้อง และองค์พระเถรานุเถระที่เมตตารับนิมนต์ร่วมพิธีในคราวนั้น  การนี้ท่านพระอาจารย์สาครต้องเดินทางระหว่าง จ.กาญจนบุรี กับ จ.อุบลราชธานี บ่อยครั้ง  อีกทั้งยังต้องติดต่อประสานงานกับหน่วยงานต่างๆ ซึ่งส่วนใหญ่มีที่ทำการอยู่ในกรุงเทพฯ ท่านจึงต้องพักแรมในกรุงเทพฯบ่อยครั้ง  โดยความจำเป็นในการที่ต้องพักแรมในกรุงเทพฯนี้เอง ท่านพิจารณาเห็นว่า  สถานที่พักที่เหมาะสำหรับภิกษุสามเณรสังกัดธรรมยุติในกรุงเทพฯนั้นมีไม่เพียงพอกับจำนวนภิกษุสามเณรที่มีความจำเป็นต้องพักแรม  รวมถึงเมื่อเวลาอาพาธต้องเข้ารับการรักษาพยาบาล หรือมีกิจนิมนต์ สถานที่พักส่วนใหญ่ไม่สะดวกในการรักษา ข้อวัตรปฏิบัติให้สมบูรณ์  ท่านจึงได้ปรารภเรื่องนี้ในหมู่ศิษย์ของท่าน เวลานั้นศิษย์ท่านพระอาจารย์สาครท่านหนึ่ง ทราบความประสงค์  อันกอปรด้วยกุศลเจตนาของท่านจึงนำความไปปรึกษากับกลุ่มญาติ ซึ่งมีที่ดินอยู่ ณ  ต.ศาลากลาง อ.บางกรวย จ.นนทบุรี  จำนวน ๙ ไร่เศษ กลุ่มญาติทั้งหมดอันประกอบด้วย ม.ร.ว.วรรณี มณีกาญจน์ นายสันติ  มณีกาญจน์ (อดีตผู้ว่าราชการจังหวัดเลย  และจังหวัดหนองคาย) นางสาวชูพักตร์ มณีกาญจน์ นางบุญล้อม มณีกาญจน์  และลูกๆของนายประสิทธิ์ มณีกาญจน์  มีความเห็นพ้องกันว่าสมควรถวายที่ดินผืนดังกล่าวเพื่อสร้างวัดในสังกัดธรรมยุติ  เพื่อประกอบศาสนกิจในบวรพระพุทธศาสนาต่อไป  โดยท่านพระอาจารย์สาคร ให้ชื่อวัดนี้เพื่อเป็นที่ระลึกแก่กุศลธรรมของญาติโยมที่มีจิตศรัทธาถวายที่ดินว่า “วัดป่ามณีกาญจน์” การดำเนินการก่อสร้างจึงได้เริ่มขึ้นเมื่อวันที่ ๒๗ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๕๔๖ เป็นต้นมา ต่อมาในปี พ.ศ.๒๕๔๘ คุณประมิตร วังพัฒนมงคล และคณะศิษย์เป็นผู้มีจิตศรัทธา ซื้อที่ดินถวายเพิ่มอีกจำนวน ๑๐ ไร่ ๒ งาน ๒๕ ตารางวา และภายหลังมีผู้มีจิตศรัทธาจำนวนมาก ได้ร่วมกันซื้อที่ดินถวายวัดเพิ่มเติมขึ้นโดยลำดับ พื้นที่ตั้งของวัด เดิมเป็นที่ราบลุ่ม ภายในบริเวณวัดปลูกต้นไม้ทั้งไม้ดอกและไม้ยืนต้น ตลอดจนผลไม้ เพื่อความร่มรื่นภายในวัด และเพื่อให้เหมาะแก่การปฏิบัติภาวนา ทางด้านหน้ามีสระน้ำใหญ่ สิ่งก่อสร้างต่างๆ ภายในวัด ล้วนมุ่งเน้นให้มีรูปแบบที่เรียบง่ายและประโยชน์ใช้สอยเป็นสำคัญ สำหรับเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบันคือ ท่านพระอาจารย์อำนวย จิตตฺสํวโร ท่านได้รับพระราชทานสมณศกดิ์ เป็น พระครูภาวนาวราทร(อำนวย) เมื่อวันที่ ๗ มกราคม ๒๕๕๙ และได้รับการเลื่อนชั้นพระสังฆาธิการ เป็นพระครูเจ้าอาวาสวัดราษฎร์ จากชั้นโท เป็นชั้นเอก ฝ่ายวิปัสสนาธุระ ตั้งแต่วันที่ ๓ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๖๖