โครงการที่สำคัญของวัดป่ามณีกาญจน์ คือ โครงการ หนึ่งบวกหนึ่งเป็นสาม ยุวกรรมฐานเยาวชน ซึ่งเป็นโครงการปฏิบัติธรรมที่มุ่งเน้นการอบรมแก่เยาวชนให้รู้จักหน้าที่พลเมือง และศีลธรรมตามแนวทางพระสายกัมมัฏฐาน ของ หลวงปู่เสาร์ กันตฺสีโล และ หลวงปู่มั่น ภูริทัตโต ทั้งนี้สืบเนื่องมาจากการที่ท่านพระอาจารย์สาคร ธัมมาวุโธ ท่านได้รับทราบปัญหาการใช้เวลาว่างไม่เหมาะสมของเยาวชน จนกลายเป็นบุคคลบริโภคนิยม ก่อให้เกิดอันตรายต่อ ครอบครัว ชุมชน สังคม และประเทศชาติในที่สุด
     ท่านจึงเริ่มจัดทำ โครงการ หนึ่งบวกหนึ่งเป็นสาม ขึ้น เพื่อปลูกฝังคุณธรรมให้เป็นหลักยึดเหนี่ยวจิตใจสำหรับเยาวชน และเป็นการสืบต่อพระพุทธศาสนาจากคนรุ่นหนึ่งไปสู่คนอีกรุ่นหนึ่งด้วย (จากคนรุ่นเก่าสู่คนรุ่นใหม่) ซึ่งได้รับการตอบรับเป็นอย่างดี และมีผู้สนใจส่งบุตรหลานเข้ารับการอบรมเป็นจำนวนมาก โดยมีการจัดอบรมปฏิบัติธรรมสำหรับเยาวชนและผู้สนใจทั่วไป ให้มาบวชเป็นสามเณร หรือพระภิกษุสงฆ์ หรือบวชเป็นผ้าขาว ถือศีล ๘ หรือศีล ๕ ตามความสมัครใจ และดำเนินกิจกรรมในแต่ละวันให้สอดคล้องกับการปฏิบัติธรรมในช่วงนั้นๆ
     นับตั้งแต่เริ่มต้นโครงการมา มีผู้เข้าร่วมบวชเป็นจำนวนมาก โดยทางวัดมิได้คิดค่าใช้จ่ายกับผู้เข้าร่วมโครงการแต่อย่างใด ทั้งในด้านค่าบริขาร อาหาร จีวร บาตร ฯลฯ ล้วนมาจากผู้มีจิตศรัทธาบริจาคด้วยความสมัครใจทั้งสิ้น